Persona Non Grata utspelar sig i mars 2002, då den diplomatiska viljan i området är obefintlig och våldet alltmer intensivt. Under fem dagar reser Stone och hans team genom Jerusalem, Tel Aviv och Ramallah för att dokumentera den hotfyllda vardagen där.
När filmteamet försöker nå den palestinske ledaren Yasir Arafat hamnar de mitt i en blodig massaker då en palestinsk självmordsbombare dödar 20 israeler och den israeliska militären beslutar sig för att stänga Ramallahs gator och förstöra Arafats högkvarter.

