Sydney Bristow är en ung, atletisk collegestuderande som rekryterades, under sitt första år på college, till att bli säkerhetsagent på SD-6, en topphemlig gren inom CIA. Efter några år - efter att Sydney bekänt sin livstil för sin pojkvän ser den onda chefen för SD-6, Arvin Sloan, till att få pojkvännen undanröjd.
Sydney får då reda på att SD-6 är en del av en internationell organisation kallad Alliance of 12, ute efter att regera över världen. Hon blir då dubbelagent och börjar arbeta för det riktiga CIA med att störta SD-6.
