Året är 1939, platsen New York. Den tuffa reportern Polly Perkins börjar tillsammans med flygaresset Sky Captain att undersöka de mystiska omständigheterna kring berömda vetenskapsmän som spårlöst börjat försvinna över hela världen. Tillsammans riskerar de sina liv när de beger sig till exotiska platser världen över, men kan den våghalsiga duon verkligen stoppa Dr. Totenkopf, den ondskefulla hjärnan bakom den djävulska planen att förinta Jorden? Med hjälp av Franky Cook - hårdför ledare för en kvinnlig, amfibisk skvadron - och det tekniska snillet Dex, kan Polly och Sky Captain mycket väl vara vår planets sista hopp.
