Tre år efter att de överlevande från Battle Royale, Nanahara och Nakagawa, flydde från ön har världen gått in i en era av terror. På flykt undan den internationella rättvisan är Namahara ledare för "Wild Seven", en terroristgrupp som motsätter sig BR och myndigheterna och som förklarat krig mot de vuxna som tvingar ungdomar att mörda varandra under BR-lagen. Nanahara blir anklagad för att vara hjärnan bakom ödeläggelsen av Capitolium. I rättvisans namn har de vuxna nu drivit igenom en ny lag mot terrorism, Millennium Anti-Terrorism Act, eller Battle Royale II.
