Grodmysteriet handlar om en stor översvämning som varar i fyrtio dagar och fyrtio nätter. Hela världen verkar stå under vatten. Några få människor och djur lyckas rädda sig i en stor, flytande ladugård. Ombord på denna moderna Noaks ark finns Ferdinand, Juliette och barnen Tom och Lili, och en mängd djurarter som de samlar in från lantgården och den näraliggande djurparken. Den enda mat som finns ombord är 28 ton potatis. Nu måste alla samsas om utrymme och föda i väntan på att vattnet ska sjunka undan. Och rovdjuren, köttätarna, är hungriga, mycket hungriga...

