Den bortglömda civilisationen Atlantis har stigit upp ur havet och leds av den onda drottningen Reptilla. Hon vill att King Kong ska gå samman med henne och bli: Kung av Atlantis. I sina försök att sätta käppar i hjulet för Reptillas illvilliga planer råkar Jason och hans trogna följeslagare ut för kolossala djurkrigare, mystiska tjärgropar, rebeller... För att kunna rå på Reptilla och hennes hejdukar tvingas Jason att använda sig av cyberkrafter och förenas med Kong till en gigantisk stridsbest. Det är ett riskabelt företag men det är deras enda chans att rädda Kong och hans örike.
