Hemlösa Nikita blir oskyldigt anklagad för mord och inlåst i fängelse. Då blir hon bortförd av en hemlig organisation som går under namnet Section One som ger henne ett ultimatum: arbeta för Section One eller avrättning. Nikita accepterar "erbjudandet" och tränas av organisationens toppagent, Michael Samuelle. I samma veva raderas Nikitas tidigare identitet och man låter samhället tro att hon begick självmord i fängelset.

