Amiral James T Kirk får order om att samla sin besättning för att ta upp kampen mot en gigantisk och fientligt inställd rymdfarkost som har kursen inställd mot Jorden. På sin väg mot Jorden förstör den allt som kommer i dess väg. Livsformen verkar vara högintelligent och till och med Mr Spock går bet i sina försök att kartlägga rymdskeppet och dess besättning.
