När Merlin anländer till kungadömet skaffar han sig omedelbart fiender, däribland kung Uthers tronarvinge, den envise prins Artur. Med vägledning av den vise läkaren Gaius lär sig Merlin att utnyttja sina magiska krafter och avslöja Camelots mystiska hemligheter. Med tiden går det upp för Merlin att han och kungadömets blivande kung har öden som är oskiljaktigt sammanflätade.
