Ett drastiskt minskande antal Jedi slåss för att bibehålla friheten och återskapa freden i galaxen, genom att använda sin armé med genetiskt modifierade kloner mot droid-armén som aldrig verkar sina i antal. Den fruktansvärda konflikten växer samtidigt som våra hjältar sveps med i ett krig medan den elaka Greve Dooku, hans lönnmördare Asajj Ventress, deras mästare Darth Sidious, den mekaniska General Grievous och ett helt gäng av aldrig tidigare skådade skurkar planerar att besegra dem.
