Birgitte Nyborg Christensen har varit Danmarks statsminister i två år. Inblandning i internationella konflikter och andra centralpolitiska frågor splittrar riksdagen och tvingar henne till allt skörare överenskommelser. BORGEN:s andra säsong följer maktkampen mellan Danmarks första kvinnliga statsminister, hennes intelligenta men cyniska spindoktor Kaspar Juul och den ambitiösa tv-journalisten Katrine Fønsmark.
