År 2013. Sexton år har gått sedan Snake räddade USA:s president i New York. En kraftig jordbävning skakar Los Angeles och lämnar staden i ruiner, omgärdad av vatten. På denna helvetesö gör en grupp uppror under ledning av revolutionären Cuervo. Presidentens dotter, Utopia, går med i hans grupp och med sig har hon nyckeln till ett vapen som kan utplåna civilisationen. Snake får det omöjliga uppdraget.
